Los principales objetivos de la ENDEMAIN-89 fueron los siguientes:
- Contar con información actualizada y confiable sobre salud reproductiva, materna e infantil.
- Cuantificar los cambios registrados en la fecundidad y mortalidad en el país en los diversos estratos geográficos, y las principales causas de muerte de los menores de cinco años.
- Establecer la influencia de los factores socio-económicos en los niveles y tendencias de las variables mencionadas.
- Determinar los niveles en que se encuentran la atención de la salud materna e infantil, la morbilidad infantil e inmunizaciones.
- Disponer de información relativa al conocimiento y práctica de la anticoncepción en el país.
- Conocer aspectos de la sexualidad de las mujeres jóvenes del país.