El objetivo primordial de la ENDEMAIN II es proporcionar información sobre los niveles y tendencias de la fecundidad, mortalidad infantil y materna; conocimiento y uso de planificación familiar, y los principales indicadores de salud materna e infantil. La obtención de información desagregada hacia otras áreas geográficas(provincias), lograda por primera vez en el país, permitirá apreciar científicamente la heterogeneidad de la realidad ecuatoriana. Es también objetivo difundir adecuadamente los resultados obtenidos, de forma que la realidad ecuatoriana sea conocida por amplios sectores de la sociedad. Aspiramos que la información sirva para evaluar los programas actualmente existentes sobre estas materias y a la vez se transforme en insumo para la formulación efectiva de planes de mejoramiento.
Otro de los objetivos se relaciona a la factibilidad de comparación existente con otras encuestas nacionales e internacionales, en los tópicos demográficos y de salud, lo cual proporciona a los organismos y público interesado un amplio marco de análisis. Comenzando desde los procesos de planificación,hasta la elaboracióndel informe final, la ejecución de la encuesta estuvo bajo la responsabilidad del CEPAR. La institución contó en diferentes partes de la investigación con la asesoría y colaboración de los expertos de los Centros para el Control de Enfermedades de Atlanta, Georgia,USA.